Курс за обучение по Въведение в микробната генетика и метагенетика

Введение в микробната геномика

• Обзор на микробната геномика и метагеномика
• Технологии за секвениране и типични изследователски дизайни
• Ключови формати на файлове и организация на данните

Контрол на качеството и предобработка

• Оценка на качеството на четещите и триране
• Премахване на хост и скрининг за загряснение
• Нормализация на четещите и следващите разсъждения

Подходи за таксономично профилиране

• Профилиране с маркер MetaPhlAn
• Методи за k-mer и класификация с Kraken2 и Bracken
• Сравнение на изходите от профилиране и визуализация

Събиране на метагеном и бининг (обзор)

• Стратегии за събиране и използване на SPAdes
• Концепции за бининг на контиги и обичайни инструменти (кратко)
• Оценка на качеството и пълнотата на събирането

Анотоваване на геноми и MLST

• Анотоваване на геноми с Prokka
• Извършване на MLST и интерпретиране на типовете последователности
• Генерация на доклади за споделяне на резултатите

Определяне на SNP и филогенетика

• Работни процеси за определяне на SNP с Snippy
• Създаване на филогенетични дървета с IQ-TREE
• Визуализация и интерпретиране на дърветата с iTOL

Антимикробна резистентност и функционално профилиране

• Откриване на гени за AMR с AMRFinderPlus, CARD и ResFinder
• Функционално профилиране и резюме на пътища
• Доклади за резистентност и функционални анотовавания

Повторими работни процеси и добри практики

• Използване на Conda, Docker и шаблони за работни процеси за повторяемост
• Управление на данни, стандарти за метаданни и принципи на FAIR
• Мащабиране на анализи с облачни ресурси и ноутбуци

Примери за случаи и практически лаборатории

• Анализ на 16S/18S ампликони от сурови четения до таксономична таблица
• Метагеномно профилиране и сравнителен анализ на образци
• Събиране на геноми, анотоваване, SNP филогенетика и докладване за AMR

Резюме и следващи стъпки